重慶市醫(yī)學(xué)會成立于1940年4月（時名為“中華醫(yī)學(xué)會重慶分會”，1997年更名為“重慶市醫(yī)學(xué)會”），成立之初僅有會員50余名。新中國成立后，重慶市醫(yī)學(xué)會在總會和西南軍政委員會的關(guān)懷和支持下，于1951年迅速恢復(fù)工作，為醫(yī)療衛(wèi)生工作的全面恢復(fù)做出了積極的貢獻(xiàn)。

學(xué)會按照《章程》的規(guī)定，堅持“以學(xué)術(shù)活動為中心、以社會效益為準(zhǔn)則”的宗旨，堅持“依靠專家、民主辦會”的原則，加強(qiáng)學(xué)會辦事機(jī)構(gòu)的自身建設(shè)，力爭承擔(dān)更多的職能，把學(xué)會工作提高到新的水平。

1940年4月成立中華醫(yī)學(xué)會重慶分會。選舉曾定夫、李定安、陳文鏡、張歷耕、楊崇瑞為執(zhí)行委員，劉朝覲、虛致清、李士倚為監(jiān)察委員。有會員約50人。

1946年學(xué)會進(jìn)行改選，選舉李之郁為第二屆理事會理事長。

1948年因受時局變化影響，學(xué)會活動基本停止。

1951年4月，召開恢復(fù)學(xué)會籌委會議；6月召開選舉會議，選舉董秉奇為第五屆理事會理事長，薛印輝為秘書長；12月成立外科、放射專業(yè)委員會。

1952年9-11月，先后成立婦產(chǎn)科、內(nèi)科、口腔科專業(yè)委員會。

1953年3月，成立公共衛(wèi)生專業(yè)委員會。9月，學(xué)會秘書長薛映輝工作調(diào)動，選舉安龍章為秘書長。

1954年初，重慶市衛(wèi)生局決定，學(xué)會遷址與重慶市衛(wèi)生工作者協(xié)會合署辦公。2-4月先后成立結(jié)核科、兒科專業(yè)委員會、肺吸蟲病專門研究委員會。5月17日，理事會改選，選舉董秉奇為第六屆理事會理事長，伍義澤、胡先文為副理事長，安龍章為秘書長，選出理事18人。吸取40名中醫(yī)師入會后，增選宦世安為副理事長。6月，成立《學(xué)習(xí)資料》編輯委員會。

1955年7月，成立病理科專業(yè)委員會。

1956年5月，學(xué)會改選，選舉何正清為第七屆理事會理事長，米景賢、伍義澤、唐陽春為副理事長，安龍章為秘書長，選出理事22人。

1957年12月，學(xué)會舉行年會，改選了理事會，選舉周澤昭為第八屆理事會理事長，伍義澤、米景賢為副理事長，選出理事15人。

1959年5月，召開理事會擴(kuò)大會議，確定了統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)、分片活動的原則，建立起12個專業(yè)委員會學(xué)術(shù)活動基地。12月，成立重慶市醫(yī)藥衛(wèi)生學(xué)會，中華醫(yī)學(xué)會重慶分會、中國醫(yī)藥學(xué)會重慶分會、中華護(hù)士學(xué)會重慶分會均作為重慶市醫(yī)藥衛(wèi)生學(xué)會組成部分。各學(xué)會名稱保留、其印章可對外。

1966年5月開始，受“文化大革命”影響，學(xué)會和各專業(yè)委員會集體學(xué)術(shù)活動中斷，但仍有不少會員堅持學(xué)術(shù)研究，撰寫、翻譯學(xué)術(shù)資料。

1972年，在冉瑞圖、黃星垣等會員提議下，經(jīng)市衛(wèi)生局批準(zhǔn)，組建了“重慶醫(yī)藥衛(wèi)生科技情報網(wǎng)”，設(shè)內(nèi)科、外科、中醫(yī)、藥學(xué)專業(yè)四個學(xué)組。1976-1978年9月，該情報網(wǎng)下設(shè)13個專業(yè)委員會。

1978年9月，經(jīng)市科委批復(fù)同意恢復(fù)中華醫(yī)學(xué)會四川省重慶分會。充實調(diào)整了理事會，選舉錢悳為第九屆理事會會長，王安定、李宗明、楊立璇、高平階、潘龍為副會長，宇聞為秘書長。

1979年11月，經(jīng)市衛(wèi)生局批準(zhǔn)，建立醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、中醫(yī)、護(hù)理、中西醫(yī)、防癆學(xué)會聯(lián)合辦公室。并成立科學(xué)普及、組織、學(xué)術(shù)、繼續(xù)教育四個工作委員會。同時恢復(fù)原有13個專業(yè)委員會。

1983年3月，中華醫(yī)學(xué)會永川地區(qū)分會并入重慶醫(yī)學(xué)會。

1984年3月，改選了理事會，選舉錢悳為第十屆理事會名譽會長，李宗明為會長，宇聞、陳崇遠(yuǎn)、吳味辛、楊宗瑞、程天民為副會長，宇聞兼任秘書長。

1985年，建立了重慶六學(xué)會（醫(yī)學(xué)會、藥學(xué)會、護(hù)理學(xué)會、防癆學(xué)會、中醫(yī)學(xué)會、中西醫(yī)結(jié)合研究會）科技聯(lián)合咨詢服務(wù)部。

1989年8月，召開了第十一屆會員代表大會，選舉陳崇遠(yuǎn)為會長，程天民、李希楷、吳味辛、周雅德、楊宗瑞為副會長；朱中仁為秘書長。

因人事變動，1991年調(diào)整張澤普為會長；1993年恢復(fù)陳崇遠(yuǎn)為會長。

1995年7月，召開了第十二屆會員代表大會，選舉陳崇遠(yuǎn)為會長，馬達(dá)、王丕龍、李祥龍、李薈元、周雅德、鄒恒儒為副會長；劉克佳為秘書長。

重慶直轄后，為使醫(yī)學(xué)會在新的歷史條件下有“高起點”、“高標(biāo)準(zhǔn)”，在廣泛征求有關(guān)專家和廣大會員意見的基礎(chǔ)上，1998年8月組建了重慶市醫(yī)學(xué)會第一次會員代表大會籌備工作委員會，決定順應(yīng)重慶直轄的大好形勢，將“重慶醫(yī)學(xué)會第十三屆會員代表大會”更名為“重慶市醫(yī)學(xué)會第一屆會員代表大會”，會議于1998年12月22日召開，選舉李祥龍為會長，馬達(dá)、王謙、王丕龍、劉美良、何德沛、卓大華、潘倩為副會長；潘倩兼任秘書長。時任市領(lǐng)導(dǎo)馮克熙、程貽舉等到會祝賀并作講話。時任中共重慶市委副書記、市政府常務(wù)副市長王鴻舉，中共重慶市委常委、秘書長騰久明，市人大常委會副主任馮克熙，市政府副市長程貽舉，已故中國工程院院士黎鰲，重慶醫(yī)學(xué)會第九屆會長、重慶醫(yī)科大學(xué)原校長錢悳，中國工程院院士王正國，重慶醫(yī)學(xué)會第十屆會長、著名消化內(nèi)科專家李宗明為重慶市醫(yī)學(xué)會第一屆會員代表大會的召開題詞。

因人員工作變動，1999年9月8日，一屆二次常務(wù)理事會增補王正國、金先慶、鄔顯華為副會長，由鄔顯華兼任秘書長主持學(xué)會日常工作。

2000年10月30日，重慶市醫(yī)學(xué)會在重慶霧都賓館隆重召開了成立60周年慶祝大會。時任市人大常委會馮克熙副主任、市政府程貽舉副市長等市領(lǐng)導(dǎo)親臨大會并作講話。市委宣傳部、市政協(xié)教科文委、市科協(xié)、市民政局、市衛(wèi)生局和中華醫(yī)學(xué)會等有關(guān)部門的領(lǐng)導(dǎo)到會祝賀。來自全市各醫(yī)療單位，各區(qū)縣（自治縣）衛(wèi)生局、醫(yī)學(xué)會和重慶醫(yī)科大學(xué)、第三軍醫(yī)大學(xué)的領(lǐng)導(dǎo)、專家和會員代表共300多人參加大會。中華醫(yī)學(xué)會楊鏡副會長、辦公室李剛主任和北京市醫(yī)學(xué)會秘書長何瑞祥、上海市醫(yī)學(xué)會黨委書記朱依及西部各省市醫(yī)學(xué)會秘書長出席了慶祝大會。時任衛(wèi)生部部長、中華醫(yī)學(xué)會會長張文康和市政府程貽舉副市長分別為重慶市醫(yī)學(xué)會成立60周年紀(jì)念畫冊、紀(jì)念封作序、題詞，為大會題詞的還有中國工程院院士、著名防原醫(yī)學(xué)專家程天民。

2006年5月11日，重慶市醫(yī)學(xué)會第二屆會員代表大會在重慶東方花苑飯店隆重召開。市委、市人大、市政府、市政協(xié)分管領(lǐng)導(dǎo)，中華醫(yī)學(xué)會吳明江副會長，市衛(wèi)生局、市科協(xié)、市民政局、第三軍醫(yī)大學(xué)、重慶醫(yī)科大學(xué)等部門和單位領(lǐng)導(dǎo)及來自8個兄弟省市醫(yī)學(xué)會的領(lǐng)導(dǎo)出席了大會。還有全市的292名會員代表參加了會議。大會民主選舉產(chǎn)生了第二屆理事會及領(lǐng)導(dǎo)集體，選舉屈謙任第二屆理事會會長，周英杰、趙先柱、王正國、吳小翎、何德沛、李慶平、陳華為副會長，陳華兼任秘書長。

2012年8月31日，重慶市醫(yī)學(xué)會第三屆會員代表大會暨理事會換屆改選會議在重慶東方花苑飯店隆重召開。市人大、市政府、市政協(xié)分管領(lǐng)導(dǎo)，中華醫(yī)學(xué)會劉雁飛副會長，市衛(wèi)生局、市科協(xié)、市民間組織管理局、第三軍醫(yī)大學(xué)、重慶醫(yī)科大學(xué)等部門和單位領(lǐng)導(dǎo)及原第三軍醫(yī)大學(xué)校長、中國工程院程天民院士出席了大會。來自全市各區(qū)縣（自治縣）醫(yī)學(xué)會、第三軍醫(yī)大學(xué)、重慶醫(yī)科大學(xué)、市級醫(yī)療衛(wèi)生單位、駐渝部隊醫(yī)院和大型企業(yè)職工醫(yī)院的300余名代表參加了會議。大會民主選舉產(chǎn)生了第三屆理事會及領(lǐng)導(dǎo)集體，選舉屈謙連任第三屆理事會會長，傅仲學(xué)、王云貴、王正國、吳小翎、陳華、李慶平為副會長，周紅任秘書長。

2019年6月19日，重慶市醫(yī)學(xué)會第四屆會員代表大會暨理事會換屆改選會議在重慶渝州賓館隆重召開。時任市政協(xié)張玲副主席，中華醫(yī)學(xué)會王大方副秘書長，市衛(wèi)生健康委、市科協(xié)和市民政局有關(guān)領(lǐng)導(dǎo)出席了會議。來自全市各區(qū)縣（自治縣）醫(yī)學(xué)會、重慶醫(yī)科大學(xué)、陸軍軍醫(yī)大學(xué)、市級醫(yī)療衛(wèi)生單位、駐渝部隊醫(yī)院和大型企業(yè)醫(yī)院的200余名代表參加了會議。大會民主選舉產(chǎn)生了第四屆理事會及第一屆監(jiān)事會，傅仲學(xué)當(dāng)選為第四屆理事會會長，卞修武、楊慶軍、張先祥、陳蓉、周紅、徐迪雄、黃、黃愛龍當(dāng)選為副會長（按姓氏筆畫排序），周紅兼任秘書長；靖琳當(dāng)選為第一屆監(jiān)事會監(jiān)事長。

因人員工作變動，2020年10月28日，四屆三次理事會增補劉國祥、李小成為副會長。

2020年10月28日，重慶市醫(yī)學(xué)會在重慶君豪大飯店隆重召開了成立80周年慶祝大會。時任市政協(xié)副主席、學(xué)會榮譽會長張玲作了講話，市級有關(guān)部門、各醫(yī)療衛(wèi)生單位、重慶醫(yī)科大學(xué)、陸軍軍醫(yī)大學(xué)及各區(qū)縣（自治縣）醫(yī)學(xué)會的領(lǐng)導(dǎo)、專家和會員代表近300人參加了會議。全體參會代表觀看了《薪火相傳、初心不改》紀(jì)念短片，回顧了80年來披荊斬棘的開拓精神和碩果累累的喜悅之情。大會表彰了在學(xué)會建設(shè)與發(fā)展歷程中做出積極貢獻(xiàn)的49名先進(jìn)個人和34個先進(jìn)集體。

2024年12月25日，重慶市醫(yī)學(xué)會第五屆第一次會員代表大會在重慶渝州賓館召開。市人民政府副市長但彥錚出席大會開幕式并講話，市衛(wèi)生健康委、市民政局、市科協(xié)、陸軍軍醫(yī)大學(xué)、重慶醫(yī)科大學(xué)有關(guān)領(lǐng)導(dǎo)及中國科學(xué)院卞修武院士、中國工程院蔣建新院士出席大會。來自重慶大學(xué)、重慶醫(yī)科大學(xué)、陸軍軍醫(yī)大學(xué)、市級醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)、駐渝部隊醫(yī)院、部分大型企業(yè)醫(yī)院、部分民營醫(yī)療機(jī)構(gòu)以及部分區(qū)縣（自治縣）醫(yī)學(xué)會的290名代表參會。大會民主選舉產(chǎn)生了第五屆理事會及及第二屆監(jiān)事會，邢雅翕當(dāng)選為第五屆理事會會長，王生成、王亞洲、李小兵、楊縉、肖穎彬、吳昊、周瑋、徐永柱、黃愛龍、譙波等10人當(dāng)選為副會長（按姓氏筆畫排序），徐永柱兼任秘書長；李俊龍當(dāng)選為第二屆監(jiān)事會監(jiān)事長。